Kementerian Keuangan sekarang tidak lagi berada di bawah koordinasi Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian, sesuai dengan Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 139 Tahun 2024. Perpres tersebut tentang Penataan Tugas dan Fungsi Kementerian Negara Kabinet Merah Putih Periode 2024-2029 telah ditandatangani dan ditetapkan oleh Prabowo pada 21 Oktober 2024. Dengan berlakunya Perpres ini, Kementerian Keuangan sekarang langsung di bawah koordinasi Presiden, bersama dengan Kementerian lain seperti Kementerian PANRB dan Kementerian PPN/Bappenas.
Menurut Kepala Biro Komunikasi dan Layanan Informasi Kementerian Keuangan, Deni Surjantoro, aturan-aturan yang sebelumnya ditetapkan melalui rapat koordinasi terbatas di Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian harus menunggu ketetapan Perpres terkait Kementerian Keuangan. Perpres 139/2024 ini mengubah struktur Kementerian Negara Kabinet Indonesia Maju Periode 2019-2024 yang sebelumnya diatur dalam Perpres 67/2019.
Dalam struktur koordinasi yang mengatur Menteri Koordinator Bidang Perekonomian yang saat ini dijabat oleh Airlangga Hartarto, Prabowo menetapkan bahwa Kementerian Koordinator Perekonomian kini mengkoordinir 8 kementerian, antara lain Kementerian Ketenagakerjaan, Kementerian Perindustrian, Kementerian Perdagangan, Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral, Kementerian BUMN, Kementerian Investasi dan Hilirisasi/Badan Koordinasi Penanaman Modal, Kementerian Pariwisata, dan instansi lain yang dianggap perlu.
Dengan demikian, Kementerian Keuangan tidak lagi berada di bawah koordinasi Kementerian Koordinator Perekonomian, begitu juga dengan beberapa kementerian lain seperti Kementerian Pertanian, Kementerian Koperasi dan UKM, Kementerian Riset dan Teknologi/BRIN, serta Kementerian ATR/BPN. Namun, Kementerian Koordinator Perekonomian sekarang membawahi beberapa kementerian yang sebelumnya dikoordinasikan oleh Kementerian Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi, di antaranya Kementerian ESDM, Kementerian Pariwisata, dan Kementerian Investasi.
